Κοροναϊός : Ποιος παρακολουθεί τις μεταλλάξεις στην Ελλάδα;

Το βρετανικό – πιθανότατα πιο μεταδοτικό – στέλεχος του νέου κοροναϊού, που όπως μάθαμε προσφάτως «ταξίδεψε» ως τη χώρα μας, μπορεί να κάνει… κατάληψη επί ελληνικού εδάφους; Ποια περιοχή της Ελλάδας είναι η «πρωταθλήτρια» σε ό,τι αφορά τον ρυθμό μετάλλαξης του SARS-CoV-2;

Ποια στελέχη του ιού επικράτησαν σε διαφορετικά σημεία της χώρας μας στο πρώτο κύμα της πανδημίας και ποια επικρατούν στο δεύτερο  – ποιο είναι το κύριο στέλεχος αυτή τη στιγμή στην Αττική;

Υπάρχουν αποκλειστικώς «γαλανόλευκες» μεταλλάξεις του νέου κοροναϊού; Ερωτήματα σαν και αυτά είναι ουσιώδη προκειμένου να «ιχνηλατήσουμε» την πορεία του μεγάλου μικροσκοπικού ιογενούς εχθρού με τον οποίο παλεύουμε εδώ και έναν χρόνο ώστε να καταφέρουμε να αποτυπώσουμε το παρελθόν του και να προβλέψουμε το μέλλον του (και μαζί και το δικό μας μέλλον). Και βρίσκουν τις απαντήσεις τους μέσα από την ενδελεχή αλληλούχηση ιικών γονιδιωμάτων την οποία πραγματοποιούν από την αρχή του πρώτου πανδημικού κορονα-κύματος επιστήμονες του Ιδρύματος Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (ΙΙΒΕΑΑ) στο πλαίσιο της Εμβληματικής Δράσης για τον νέο κοροναϊό, αυτής της «συστράτευσης» της ελληνικής ερευνητικής και πανεπιστημιακής κοινότητας υπό την εποπτεία της Γενικής Γραμματείας Ερευνας και Τεχνολογίας (ΓΓΕΤ) που έχει ήδη αποφέρει σημαντικούς καρπούς σε πολλά επιστημονικά μέτωπα της μάχης με τον SARS-CoV-2. Μέσα από τη γενετική ανάλυση δειγμάτων του ιού έχει ήδη παραχθεί και συνεχίζει να παράγεται γνώση άκρως διαφωτιστική σε ό,τι αφορά την αποκάλυψη του «προσώπου» του – ή μάλλον των πολλών «προσώπων» που αποκτά με την πάροδο του χρόνου -, η οποία αποτελεί «πυξίδα» για τον σχεδιασμό της άμυνας εναντίον του.

Εμβληματική δράση για τον νέο κοροναϊό

Η αλληλούχηση των ιικών γονιδιωμάτων ήταν για παράδειγμα αυτή που αποκάλυψε μόλις στην αρχή της εβδομάδας που μας πέρασε ότι το «περιβόητο» πλέον μεταλλαγμένο βρετανικό στέλεχος του νέου κορωνοϊού Β1.1.7 «ταξίδεψε» και στη χώρα μας. Εχει ήδη όμως αποκαλύψει και άλλα πολλά και άκρως ενδιαφέροντα για το «ποιόν» του ιού, όπως αναφέρει στο ΒΗΜΑ-Science ο ακαδημαϊκός και πρόεδρος του Επιστημονικού Συμβουλίου του ΙΙΒΕΑΑ, το οποίο αποτελεί κύριο κέντρο αλληλούχησης ιικών γονιδιωμάτων που προέρχονται από θετικά κρούσματα, κ. Δημήτριος Θάνος.

Ο κ. Θάνος περιγράφει ότι στο πλαίσιο της υλοποίησης της Εμβληματικής Δράσης για τον νέο κοροναϊό, το ΙΙΒΕΑΑ έχει έως σήμερα πραγματοποιήσει αλληλούχηση 1.150 ιικών γονιδιωμάτων που προέρχονται τόσο από το πρώτο όσο και από το δεύτερο κύμα της πανδημίας – 230 εξ αυτών αφορούν το πρώτο κύμα ενώ τα υπόλοιπα το δεύτερο. Τα δείγματα προέρχονται από ολόκληρη την ελληνική επικράτεια, και πιο συγκεκριμένα από την Κρήτη, την Αλεξανδρούπολη, τη Λάρισα, την Πάτρα, την Αθήνα αλλά και τη βαριά πληγείσα Δυτική Μακεδονία – εκκρεμούν τα αποτελέσματα της ανάλυσης δειγμάτων από τη Θεσσαλονίκη, την οποία έχει αναλάβει το Εθνικό Κέντρο Ερευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης (ΕΚΕΤΑ) στη Θεσσαλονίκη.

Η γενετική ανάλυση που έχει ολοκληρωθεί για περίπου 700 εκ των δειγμάτων έχει φέρει ήδη στο φως σημαντικές διαφορές μεταξύ του πρώτου και του δεύτερου πανδημικού κύματος. Κατ’ αρχάς, όπως σημειώνει ο κ. Θάνος, στο δεύτερο κύμα έχουν εντοπιστεί περισσότερες μεταλλάξεις του ιού, «ωστόσο έχουν αναλυθεί και περισσότερα δείγματα αυτού του κύματος, οπότε δεν μπορούμε να εξαγάγουμε οριστικά συμπεράσματα». Η πλειονότητα των δειγμάτων του δεύτερου κύματος αφορά τη μετάλλαξη Α222V, η οποία πρωτοεντοπίστηκε σε ισπανούς αγρότες το περασμένο καλοκαίρι ενώ εμφανίστηκε και στη Γαλλία και έκτοτε έκανε, ως φαίνεται, παγκόσμια… περιοδεία με «σύμμαχο» τα ταξίδια και τον τουρισμό.

Γενετικές αλλαγές με ονομασία προέλευσης

Είναι επίσης αξιοσημείωτο ότι η ανάλυση έχει αποκαλύψει μεταλλάξεις που δείχνουν… εντοπιότητα. «Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελεί η μετάλλαξη D936Y, η οποία εντοπίστηκε κατά κύριο λόγο στη Λάρισα στο πρώτο πανδημικό κύμα ενώ στο δεύτερο κύμα έδειξε να εξασθενεί. Ως φαίνεται, στο πρώτο κύμα υπήρξε μια εισροή στην περιοχή η οποία οδήγησε και σε διασπορά μόνο εντός των συνόρων της. Γενικώς, όπως παρατηρήσαμε στο πρώτο κύμα, το απαγορευτικό που επιβλήθηκε ήταν άκρως πετυχημένο, αφού μεταλλάξεις που εντοπίζονταν σε μια περιοχή παρέμεναν στα όριά της και δεν «ταξίδευαν» σε άλλες περιοχές» λέει ο κ. Θάνος.

Στο δεύτερο πανδημικό κύμα πάλι, έχουν εντοπιστεί από τους επιστήμονες του ΙΙΒΕΑΑ δεκάδες νέες μεταλλάξεις που φαίνεται να έχουν… ταυτότητα αποκλειστικώς ελληνική. «Οι περισσότερες από αυτές δεν έχουν περιγραφεί ποτέ ως σήμερα. Κάποιες μόνο είχαν ανιχνευθεί σε τουρίστες που επισκέφθηκαν το καλοκαίρι το Ηράκλειο της Κρήτης, ωστόσο στην πλειονότητά τους είναι καινούργιες και ταυτοποιήθηκαν για πρώτη φορά στη χώρα μας. Δεν γνωρίζουμε ακόμη τα βιολογικά χαρακτηριστικά τους, καθώς δεν έχουν αναλυθεί ενδελεχώς και δεν έχουν συσχετιστεί τα χαρακτηριστικά αυτά με κλινικά χαρακτηριστικά. Πρόκειται όμως για ένα άκρως ενδιαφέρον εύρημα που αναλύεται τώρα περαιτέρω».

Ενα άλλο άκρως ενδιαφέρον εύρημα αφορά την παρατηρούμενη αντιστροφή στελεχών μεταξύ πρώτου και δεύτερου πανδημικού κύματος. Στο πρώτο πανδημικό κύμα τα στελέχη Β1.1 και Β1 «κονταροχτυπιούνταν» για την επικράτηση (με ποσοστά εμφάνισης στη χώρα μας της τάξεως του 45% έκαστο). Ωστόσο στο δεύτερο κύμα το στέλεχος Β.1.1 «πήρε κεφάλι» με ποσοστό συχνότητας εμφάνισης της τάξεως του 62%. Αυτό, σύμφωνα με τον κ. Θάνο, αποδεικνύει «την εξελικτική δυναμική του νέου κορωνοϊού με την πάροδο του χρόνου».

Μινκ: «ρεζερβουάρ» του φονικού ιού

Το στέλεχος Β1.1 επικρατεί αυτή τη στιγμή και στην Αττική, η οποία έχει «εκπλήξει» τους επιστήμονες, καθώς ανέμεναν ότι θα εμφανίζει τη μεγαλύτερη ετερογένεια στις μεταλλάξεις πανελλαδικά εξαιτίας του μεγάλου, ετερογενούς πληθυσμού της, κάτι που δεν συμβαίνει. «Πρωταθλήτρια» στον ρυθμό μεταλλάξεων στο δεύτερο κύμα ανακηρύσσεται η Δυτική Μακεδονία, με την Αττική και την Κρήτη να ακολουθούν. Μάλιστα στη Δυτική Μακεδονία έχουν εντοπιστεί μοναδικές στον ελλαδικό χώρο μεταλλάξεις οι οποίες σχετίζονται με τα μινκ. Ο κ. Θάνος περιγράφει ότι στο ΙΙΒΕΑΑ έχουν αλληλουχηθεί ιικά γονιδιώματα που αφορούσαν περισσότερους από 100 εργαζομένους σε φάρμες μινκ στα Γρεβενά, στην Καστοριά και στην Κοζάνη.

Εγινε επίσης αλληλούχηση ιικών γονιδιωμάτων σε 22 δείγματα που ελήφθησαν από μινκ από τον ερευνητή του ΕΚΕΤΑ κ. Νότη Αργυρίου. Είναι άξιο λόγου ότι, όπως προέκυψε από τη γενετική ανάλυση, υπήρξαν μεταλλάξεις που εντοπίστηκαν μόνο σε μια περιοχή και όχι σε άλλη. «Εντοπίστηκε σε κάποιες περιπτώσεις η ίδια μετάλλαξη σε ανθρώπους και μινκ μιας περιοχής αλλά όχι σε άλλη περιοχή όπου εκτρέφονται μινκ. Εντοπίστηκαν επίσης επτά μεταλλάξεις μόνο στα μινκ οι οποίες δεν έχουν εντοπιστεί ακόμη σε ανθρώπους, αλλά και μεταλλάξεις σε ζώα μόνο της Κοζάνης και άλλες σε ζώα μόνο των Γρεβενών ή της Καστοριάς. Γενικώς η γενετική αυτή ανάλυση αποδεικνύει ότι άνθρωποι και μινκ αποτελούν «συγκοινωνούντα δοχεία» μεταλλάξεων, καθώς και ότι τα μινκ είναι πολύ καλά ρεζερβουάρ του νέου κορωνοϊού». Αυτή η «επικίνδυνη σχέση» απαιτεί συνεχή παρακολούθηση και το επόμενο βήμα για τους ερευνητές είναι η λήψη δειγμάτων από πόλεις της Δυτικής Μακεδονίας ώστε να αποκαλυφθεί αν οι μεταλλάξεις που έχουν εντοπιστεί στις φάρμες έχουν φθάσει ως τον γενικό πληθυσμό.

Αποτυπώματα στον χρόνο

Ο «ελληνικός χάρτης» των μεταλλάξεων του νέου κορωνοϊού συνεχίζει να συντίθεται χάρη στις αναλύσεις των επιστημόνων της Εμβληματικής Δράσης και, κατά τον πρόεδρο του Επιστημονικού Συμβουλίου του ΙΙΒΕΑΑ, είναι υψίστης σημασίας να ολοκληρωθεί η σκιαγράφηση του μοριακού αποτυπώματος της επιδημίας ώστε να διεξαχθούν συγκριτικές αναλύσεις ευρείας κλίμακας και να μελετηθεί η φυλογενετική εξέλιξη του ιού. «Το αποτύπωμα αυτό είναι μοναδικό, μπορεί να μας ταξιδέψει πίσω στον χρόνο ώστε να γνωρίζουμε από πού ακριβώς ξεκίνησε η επιδημία στη χώρα μας. Εχουμε μάλιστα ήδη ξεκινήσει τη φυλογενετική ανάλυση την τελευταία εβδομάδα σε συνεργασία με έλληνες συναδέλφους μας του εξωτερικού. Παράλληλα η συνεχής εφαρμογή γονιδιωματικής επιτήρησης του ιού είναι ζωτικής σημασίας για την ανίχνευση, μεταξύ άλλων, μεταλλάξεων που θα μπορούσαν να μειώσουν την αποτελεσματικότητα των εμβολίων, των μεγάλων «όπλων» που μας χάρισε η επιστήμη για να μπει κάποια στιγμή τέλος στην πανδημία».

Μέχρι στιγμής πάντως, όπως τονίζει ο κ. Θάνος, δεν έχει εντοπιστεί κάποια μεγάλη μετάλλαξη η οποία δείχνει να επηρεάζει την παθογένεια του ιού. «Δεν πιστεύω ότι θα συμβεί κάτι τέτοιο, με βάση τις επιταγές της θαυμαστής Βιολογίας. Διότι αν ο ιός αυξήσει την παθογένειά του, θα αυξήσει και τη θνητότητα, που αυτή τη στιγμή είναι χαμηλή. Και αν αυξήσει τη θνητότητα, θα στρέψει την κατάσταση εναντίον του, αφού δεν θα έχει πλέον άφθονους ξενιστές για να συνεχίσει να επιβιώνει». Οπως μαρτυρεί λοιπόν η θαυμαστή Βιολογία, σε αυτή τη μάχη της επιβίωσης ιού και ανθρώπου, με το άρτι αφιχθέν «υπερόπλο» που δεν είναι άλλο από το εμβόλιο, θα καταφέρουμε όταν πλέον έχει εμβολιαστεί ικανό μέρος του πληθυσμού να σβήσουμε αυτόν τον ιό που… μετάλλαξε τόσο πολύ και για τόσο μεγάλο διάστημα τη ζωή μας.

Το «προφίλ» του βρετανικού μεταλλαγμένου στελέχους που εντοπίστηκε στη χώρα μας

Πριν από μερικές ημέρες εντοπίστηκε για πρώτη φορά στη χώρα μας το μεταλλαγμένο – και πιθανώς πιο μεταδοτικό – βρετανικό στέλεχος Β1.1.7 του ιού SARS-CoV-2. Οπως μας πληροφορεί ο κ. Θάνος, οι επιστήμονες του ΙΙΒΕΑΑ παρέλαβαν έξι θετικά δείγματα από τη Γενική Γραμματεία Πολιτικής Προστασίας τα οποία αφορούσαν ταξιδιώτες από τη Βρετανία που είχαν υποβληθεί σε rapid test στο αεροδρόμιο «Ελευθέριος Βενιζέλος» και διαγνώστηκαν θετικοί στον νέο κορωνοϊό. Οι ερευνητές του ΙΙΒΕΑΑ πραγματοποίησαν κατ’ αρχάς μοριακό έλεγχο προκειμένου να επιβεβαιώσουν τη θετικότητα στον ιό. «Πράγματι τα δείγματα ήταν θετικά, και εμφάνιζαν μάλιστα πολύ υψηλό ιικό φορτίο».

Το επόμενο βήμα ήταν η γενετική αλληλούχηση των δειγμάτων του ιού, η οποία αποκάλυψε στα τέσσερα από τα έξι την ύπαρξη του στελέχους Β1.1.7. «Είναι η πρώτη φορά που το συγκεκριμένο στέλεχος ταυτοποιείται στη χώρα μας» επισημαίνει ο κ. Θάνος και προσθέτει ότι τα υπόλοιπα δύο δείγματα αποδείχθηκε μέσα από την αλληλούχηση ότι αφορούσαν ένα άλλο «εξωτικό» αλλά πλέον… παγκοσμιοποιημένο στέλεχος του νέου κορωνοϊού, το Α.6, το οποίο πρωτοεντοπίστηκε στην Ταϊλάνδη. «Ολα αυτά αποδεικνύουν ότι όσο πιο ελεύθερες είναι οι μετακινήσεις τόσο μεγαλύτερη είναι η παγκόσμια διασπορά διαφορετικών στελεχών του ιού».

Δείγματα από όσους γύρισαν από το Ντουμπάι

Για τον λόγο αυτόν έχει αποφασιστεί να δοθεί ιδιαίτερη έμφαση στις πύλες εισόδου της χώρας ώστε να «συλλαμβάνονται» τα νέα στελέχη του ιού που πιθανώς εισέρχονται στην Ελλάδα και να παρακολουθείται στενά η πορεία τους. Στο πλαίσιο αυτό οι ερευνητές του ΙΙΒΕΑΑ έχουν ήδη στα χέρια τους για γενετική ανάλυση άλλα τέσσερα θετικά στον ιό δείγματα (όπως προέκυψε από τα rapid tests που διεξήχθησαν στο «Ελ. Βενιζέλος»), τα οποία και θα αλληλουχηθούν.

Τα δείγματα αυτά προέρχονται από μη ευρωπαϊκή χώρα – ωστόσο ο κ. Θάνος ανέφερε ότι δεν μπορεί να υπεισέλθει αυτή τη στιγμή σε περισσότερες λεπτομέρειες –, ενώ θα αναλυθούν γενετικώς και δείγματα ταξιδιωτών που επέστρεψαν από το Ντουμπάι (πρόκειται για τον προορισμό όπου επέλεξαν αρκετοί Ελληνες να ταξιδέψουν στις γιορτές με τις γνωστές εικόνες των πάρτι χωρίς τήρηση μέτρων, τις οποίες εκφράζονται φόβοι ότι θα πληρώσουμε όλοι ακριβά).

Αλλαγές με σημασία προκαλούν ανησυχία

Σε ό,τι αφορά συγκεκριμένα το βρετανικό στέλεχος του νέου κορωνοϊού, εμφανίζει ιδιαίτερα βιολογικά χαρακτηριστικά, επισημαίνει ο πρόεδρος του Επιστημονικού Συμβουλίου του ΙΙΒΕΑΑ. «Εχει 17 μεταλλάξεις, οι οποίες οδηγούν στην ταυτόχρονη αλλαγή αμινοξέων στις πρωτεΐνες του, ένα χαρακτηριστικό που δεν έχει ποτέ περιγραφεί στον κορωνοϊό. Οκτώ από αυτές τις αλλαγές συμβαίνουν στο γονίδιο που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη-ακίδα η οποία βρίσκεται στην επιφάνεια του ιού και χρησιμοποιείται για να εισέλθει ο ιός στα ανθρώπινα κύτταρα».

Τρεις από αυτές τις μεταλλάξεις χαρακτηρίζονται ήδη ανησυχητικές. «Η πρώτη – N501Y – έχει αποδειχθεί ότι αυξάνει τη δέσμευση της ακίδας στην πρωτεΐνη ACE2 των κυττάρων, η οποία χρησιμοποιείται ως το κύριο σημείο εισόδου του ιού στα ανθρώπινα κύτταρα. Η δεύτερη σημαντική μετάλλαξη είναι η έλλειψη 69-70del που οδηγεί στην απώλεια δύο αμινοξέων στην πρωτεΐνη-ακίδα και η οποία έχει επίσης συνδεθεί με αυξημένη μολυσματικότητα. Η μετάλλαξη αυτή είχε εμφανιστεί και κατά το παρελθόν μαζί με μια άλλη μετάλλαξη που ονομάζεται D796H. Οι μεταλλάξεις αυτές είχαν συνδεθεί με τη μειωμένη ευαισθησία ασθενών με COVID-19 στη χορήγηση πλάσματος από ασθενείς που είχαν ήδη αναρρώσει. Η τρίτη μετάλλαξη, P681H, είναι επίσης σημαντική επειδή αλλάζει τη θέση όπου η πρωτεΐνη-ακίδα θραύεται πριν αυτή εισέλθει στα ανθρώπινα κύτταρα».

Η εμφάνιση νέων στελεχών ιών αποτελεί κοινό φαινόμενο στις πανδημίες, επισημαίνει ο κ. Θάνος, συμπληρώνοντας ωστόσο πως «με δεδομένο ότι το νέο στέλεχος Β1.1.7 αντικαθιστά γρήγορα άλλα στελέχη του ιού στον πληθυσμό, αυτό σημαίνει ότι έχει ένα σημαντικό πλεονέκτημα στη μετάδοσή του από άτομο σε άτομο. Το πλήθος των μεταλλάξεων που υπάρχουν στο νέο στέλεχος προκαλεί επίσης ερωτήματα για την αποτελεσματικότητα των εμβολίων. Μέχρι στιγμής δεν υπάρχει λόγος ανησυχίας, καθώς τα εμβόλια, όπως και οι φυσικές λοιμώξεις, οδηγούν σε μια γενικευμένη ανοσοαπάντηση που στοχεύει πολλά μέρη του ιού. Θα ήταν πραγματική πρόκληση ένας ιός να καταφέρει να ξεφύγει από αυτό».

Πηγή: Επιστήμη & Τεχνολογία – ΤΑ ΝΕΑ